CIIL - NEWSLETTER , novembre 2026 - N° 20

Lorsque j’ai rejoint l’IBL en 1998, le bâtiment n’était pas encore tout à fait achevé. Je venais de terminer un doctorat en microbiologie à l’Université Paris 6, avec une thèse réalisée à l’hôpital Necker sur les pili de Neisseria meningitidis. À Lille, j’ai intégré l’équipe Yersinia, alors dirigée par Michel Simonet (Florent Sebbane, actuellement).

Mes premières recherches ont porté sur les mécanismes permettant aux Yersinia pathogènes de résister aux peptides antimicrobiens. Je me suis ensuite intéressé aux systèmes à deux composants et à leur rôle dans le pouvoir pathogène de Yersinia pseudotuberculosis, l’ancêtre récent de Yersinia pestis, le bacille de la peste. Ces travaux nous ont notamment permis de montrer que des systèmes pourtant conservés au cours de l’évolution pouvaient remplir des fonctions radicalement différentes d’une espèce bactérienne à l’autre.

Un tournant s’est produit en 2003, lorsque j’ai participé au séquençage du premier génome de Y. pseudotuberculosis. Sa comparaison avec celui du bacille de la peste, séquencé peu auparavant, a rapidement révélé les limites des analyses portant sur deux génomes seulement. Pour mieux comprendre l’évolution de ces bactéries, il fallait pouvoir comparer un grand nombre de souches. L’essor du séquençage à haut débit allait justement rendre cette approche possible.

Je me suis alors progressivement tourné vers la bioinformatique. En parallèle de formations suivies à l’Institut Pasteur, à Paris, et au Génoscope, j’ai commencé à développer mon propre logiciel, avec l’ambition de pouvoir analyser et comparer simultanément plusieurs centaines de génomes bactériens.

Au fil des années, cet outil s’est enrichi et son champ d’application s’est élargi. Il me permet bien sûr d’explorer les questions liées aux Yersinia, mais aussi de participer à des collaborations portant sur des bactéries très différentes : les progéniteurs de Mycobacterium tuberculosis, avec Philip Supply, ou encore la plasticité du lipopolysaccharide (LPS) d’Helicobacter pylori, avec Barry Marshall, et Dickeya dadantii, avec Sébastien Bontemps-Gallo.

Pour moi, toutefois, l’annotation d’un génome n’est pas une fin en soi. Ce qui m’intéresse avant tout, c’est de comprendre comment les différences génétiques se traduisent en différences de propriétés biologiques. En comparant des souches présentant des phénotypes distincts, on peut identifier les gènes susceptibles d’expliquer certains caractères, qu’il s’agisse de capacités métaboliques, de facteurs de virulence ou de résistance aux antibiotiques. Autrement dit, l’enjeu est de faire le lien entre génotype et phénotype.

Si la comparaison de génomes contemporains réserve parfois quelques surprises, elle paraît presque simple face au défi que représente l’analyse des génomes anciens. Nous travaillons notamment sur les séquences d’ADN extrait de la pulpe dentaire de victimes de la peste, dont certaines sont mortes il y a plus de mille ans. À partir de fragments d’ADN souvent très dégradés, il faut parvenir à reconstituer des génomes du bacille aussi complets que possible. L’objectif est ensuite d’examiner l’intégrité des gènes et de rechercher les événements génomiques qui ont pu accompagner l’émergence des grandes pandémies de peste.

Ces nouveaux défis m’ont amené à faire évoluer mon logiciel, que je continue de perfectionner au fil des projets. C’est un travail auquel je consacre encore beaucoup de temps, souvent chez moi, au calme, sur mon fidèle ordinateur acheté pendant le confinement.

À côté de mes activités de recherche, j’exerce également comme maître de conférences à l’Université de Lille. J’enseigne la microbiologie à différents niveaux du cursus : des notions fondamentales en licence à la pathogénie microbienne en master, sans oublier les techniques de diagnostic par biologie moléculaire auprès des internes en biologie du CHU de Lille.

Et lorsque je m’éloigne des bactéries et des génomes, je partage mon temps entre nos chevaux et un autre projet de longue haleine : le chantier, apparemment sans fin, de transformation de ma maison.