Microbiologie évolutive et environnementale

Depuis plusieurs décennies, les biologistes concentrent leurs efforts sur des micro-organismes modèles bien connus, ce qui a permis des avancées significatives en biologie cellulaire et moléculaire fondamentale, avec de multiples applications, notamment en santé publique et dans l'étude de l'évolution du vivant. Cependant, la biodiversité du monde vivant est bien plus vaste que le nombre limité d'organismes pouvant être cultivés en laboratoire, et il reste encore beaucoup à apprendre des autres organismes. C'est pourquoi l'équipe E2M propose d'étudier des organismes non modèles peu étudiés, qu'il s'agisse de procaryotes ou d'eucaryotes unicellulaires, qui partagent tous des implications majeures connues en matière d'environnement, d'évolution et/ou de santé publique. 

E2M occupera ainsi un véritable créneau bénéficiant d'une reconnaissance internationale dans le domaine des bactéries et des protozoaires encore négligés. Les organismes étudiés comprennent 1) des bactéries issues du superphylum Planctomycetes, Verrucomicrobia et Chlamydiae (PVC), qui présentent une biologie novatrice et divergente et qui sont récemment apparues comme l'un des groupes bactériens les plus prometteurs, et 2) des protozoaires intestinaux appartenant aux genres Blastocystis et Cryptosporidium, qui contribuent tous deux de manière significative au fardeau des maladies infectieuses en touchant des centaines de millions de personnes dans le monde.

Dans le cadre d'un projet de recherche plurispécifique, nos principaux défis pour les années à venir consisteront à élucider les questions passionnantes suivantes : comment des bactéries PVC apparentées, ayant un ancêtre commun, ont-elles pu diverger à ce point ? Quelle est l'évolution de la pathogénicité au sein de ce groupe (Axe 1) ? Comment déchiffrer l'écologie et la dynamique de transmission grâce à des enquêtes épidémiologiques à grande échelle, ainsi que la physiopathologie des parasites entériques Blastocystis et Cryptosporidium (Axe 2). Les approches que nous développerons sont hautement interdisciplinaires, couvrant tout le spectre de la biologie, des gènes et des cellules aux communautés et aux écosystèmes, grâce à des recherches en laboratoire et des études de terrain impliquant l’échantillonnage des hôtes et de leur environnement. Nos travaux font appel à un large éventail d’approches computationnelles et expérimentales qui seront utilisées pour relever chacun de ces défis, tout en tirant parti des installations du campus.

Responsable du projet Axe 1 : DEVOS Damien

Responsable du projet Axe 2: VISCOGLIOSI Eric / CERTAD Gabriela