BIOSTAT

Les chercheurs du centre bénéficient d’une forte expertise en statistiques appliquées aux données biologiques, cliniques et génomiques. Un large éventail d’approches statistiques est mobilisé afin de mener des analyses à la fois confirmatoires et exploratoires, avec le plus haut niveau d’exigence méthodologique, en accordant une attention particulière à la qualité et à la fiabilité des résultats produits.

Les analyses de données sont réalisées à l’aide de l’environnement logiciel R, qui offre une vaste collection de méthodes statistiques et d’outils graphiques grâce à ses nombreuses bibliothèques. R est un logiciel open source largement utilisé en recherche et soutenu par une communauté scientifique active.

Afin de garantir la reproductibilité et l’automatisation des analyses, les pipelines sont développés selon une approche de programmation lettrée à l’aide de R Markdown.

La plateforme s’engage également à promouvoir les bonnes pratiques et à assurer des formations en statistique. À ce titre, un cours introductif de statistique est organisé chaque année en interne pour les étudiants et tout membre du CIIL souhaitant y participer.

La plateforme de biostatistique a contribué à de nombreux projets de recherche.

Parmi ceux-ci figurent des études sur les maladies parasitaires, notamment la toxoplasmose, où une association significative a été mise en évidence entre la schizophrénie et l’infection par Toxoplasma gondii dans une population algérienne (doi: 10.1016/j.psychres.2020.113293).

 

[Translate to French:] Zoom sur un exemple de tableau statistique
Réseau d’interaction généré à l’aide de Cytoscape et de la base de données STRING database. Gènes d’arrêt du cycle cellulaire : p53, p38, p21, pRb, GADD45 et p16. Facteurs SASP : IL-6, CXCL-10 et CCL-2. L’intensité de la couleur des nœuds reflète le niveau moyen d’expression des gènes. La transparence et l’épaisseur des arêtes indiquent le niveau de confiance des interactions ; les scores de confiance inférieurs à 0,5 ne sont pas affichés.

Le paludisme a également fait l’objet de recherches, et l’intégration de données biologiques et expérimentales a mis en évidence le rôle de la sénescence des astrocytes (cellules cérébrales) dans la neuroinflammation associée au paludisme cérébral (doi: 10.1016/j.bbi.2023.12.030).

 

D’autres études se sont concentrées sur le marquage de la protéine de réplication virale ORF1 et sur sa localisation au sein des cellules infectées, permettant ainsi d’identifier des sites potentiels de production virale (doi : 10.3389/fmicb.2022.828636).

 

[Translate to French:] Subcellular localization of the ORF1 protein

La plateforme de biologie cellulaire est également impliquée dans des recherches sur le virus de l’hépatite E (HEV). Dans ce contexte, un motif riche en arginine de la protéine de capside virale ORF2 a été identifié comme jouant un rôle central dans le cycle de vie viral. Ces résultats ont contribué à une meilleure compréhension des déterminants de l’infectiosité virale (doi : 10.1371/journal.ppat.1010798).

Des travaux complémentaires se sont intéressés au marquage de la protéine de réplication virale ORF1 et à sa localisation au sein des cellules infectées, permettant ainsi d’identifier des sites potentiels de production virale (doi : 10.3389/fmicb.2022.828636).

[Translate to French:] Left: heatmap of gene expression in hepatocyte PLC3 cells. Colors represent the log fold change according to the comparison indicated at the top of the columns. Right: protein–protein interaction network of genes modulated by ORF2.

Un autre exemple de l’implication de la plateforme concerne l’étude de Yersinia pestis, la bactérie responsable de la peste et transmise à l’être humain par les piqûres de puces. Les recherches se sont concentrées sur le système CpxAR, impliqué dans la réponse au stress et la résistance au cuivre, et ont montré que ce système est essentiel à la survie bactérienne lors de l’infection par les puces (doi : 10.1128/jb.00173-24).

[Translate to French:] Each data point represents the ratio of bacterial load in fleas with and without the cpxAR system. Bacterial load was measured after the infectious blood meal and again 13 days later. White diamonds indicate the first experiment, black circles the second experiment; the horizontal line represents the median.

Grâce à son expertise et à ses activités de formation, la plateforme de biostatistique apporte une rigueur méthodologique et une excellence statistique à la production scientifique du CIIL.

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