CIIL - Lettre d'information, Janvier 2026 - N° 18

Nathalie DEBOOSERE Ingénieure d'études IPL

Depuis toujours intéressée par le monde passionnant de l’infiniment « petit », cellules et pathogènes, j’ai suivi une licence de Biologie Cellulaire, puis un DESS à Lille.  L’entrée dans le monde actif n’a pas été évident de prime abord. Mon rêve d’étudiante était d’entrer à l’Institut Pasteur de Lille, prestigieux dans le domaine des maladies infectieuses. Mais sans expérience, je n’ai eu que des refus. Détestant l’inactivité et aimant les relations et les interactions humaines, j’ai donc accepté un premier poste de technico-commerciale en région Nord dans une société lyonnaise, spécialisée en anatomo pathologie et en immunologie en 1995. Cette première expérience de 6 mois a conforté mon rêve initial de travailler dans un laboratoire de recherche. 
J’ai donc saisi l’opportunité d’un remplacement maternité de 3 mois dans le laboratoire de Biologie Cellulaire des Virus au sein de l’Etablissement Français du Sang de Lille, un remplacement qui finalement durera 2 ans ! J’ai ainsi fait mon entrée dans le monde des virus (HIV, HAV, HSV, VSV, CMV,…) et du travail en laboratoire de haute sécurité biologique LNSB3 (Laboratoire de niveau de sécurité biologique 3) ! 
Une opportunité en provoquant une autre et avec toujours ce rêve en tête d’entrer à l’Institut Pasteur, j’ai postulé en candidature spontanée dans le laboratoire d’Expertise Virale TEXCELL à l’Institut
Pasteur de Paris, cette fois ! Et j’y suis entrée en 1997 pour prendre en charge une petite équipe d’expertises en virologie, chargée de l’évaluation de la sécurité virale de produits destinés à la santé
humain, dans le cadre de dossiers de demande d’AMM de produits d’origine biologique pour l’industrie pharmaceutique et biotechnologique. 
Fin 2000, forte de ces 6 années d’expérience dans le domaine de la Virologie, et pour des raisons de rapprochement personnel, j’ai décidé de tenter à nouveau ma chance au sein de l’Institut Pasteur de Lille avec une nouvelle candidature spontanée ! Rencontre avec Mr Capron, directeur de l’IPL de « l’époque », et BINGO ! Un poste m’était proposé dans l’équipe de Marc Lange pour prendre en charge des projets de R&D en Virologie dans les domaines alimentaire et environnemental (air et eau), et qui a rejoint l’Unité de Sécurité Microbiologique en 2004, dirigée par Michèle Vialette. Cette expérience a été passionnante, liée successivement à l’émergence du virus grippe H5N1 et du SRAS, pour lesquels j’ai mis en place les méthodes de culture au LNSB3, et, respectivement, développé des outils de détection adaptés dans l’eau et les boues par PCR en temps réel pour la surveillance des réservoirs environnementaux potentiels du H5N1 au Cambodge, et mis en place une chambre
d’aérosolisation du SRAS « sécuritaire » dans le LNSB3 et étudié la résistance du SRAS dans le cadre d’études industrielles de procédés de décontamination de l’air.
Fin 2011, mon envie incessante de développer de nouvelles compétences et d’avoir de nouvelles perspectives professionnelles m’a incitée à pousser les portes de différents laboratoires de recherches fondamentales dans le domaine infectieux au CIIL et ainsi de faire une demande de mobilité. Je rejoins donc la nouvelle équipe CGIM (Chemical Genomics of Intracellular Mycobacteria) de Priscille
Brodin, attirée par son domaine d’expertise dans la compréhension fine des mécanismes d’infection et de réplication intracellulaire de Mycobacterium tuberculosis et l’utilisation de la haute technologie du HCS reposant sur la microscopie confocale automatisée et permettant le criblage phénotypique haut débit, alors inconnue pour moi. Je me suis spécialisée dans l’étude phénotypiques des
processus de colonisation et des interactions cellules hôtes - Mycobacterium tuberculosis par microscopie confocale automatisée et ai participé à différents projets d’approches pharmacologiques contre la tuberculose par le criblage HCS de composés et de SiRNA. Considérée comme un pilier de l’équipe, j’étais responsable de la formation de mes nouveaux collaborateurs aux techniques
dans l’environnement du LNSB3 et support technique pour le développement de tests cellulaires sur la plate-forme HCS-L2 Criblage à heut débit en niveau de confinement 2). J’ai également travaillé sur un projet de développement d’un nouveau modèle d’étude d’infection, les organes-sur-puce, plus physiologiques que la culture cellulaire simple et visant à remplacer l’expérimentation animale. Ce modèle poumon-sur-puce était novateur et visait à reconstituer la barrière alvéolaire/capillaire au niveau pulmonaire dans un petit dispositif en silicone commercial (Emulate) et alimenté en milieu de culture par un système microfluidique, et permettre ainsi d’étudier par microscopie confocale les interactions de Mycobacterium tuberculosis avec les cellules au niveau de sa voie d’entrée dans l’organisme, les alvéoles.
Ce projet m’a permis de faire un lien direct avec la nouvelle équipe MoHMI (Mechanobiology of Host-Microbe Interactions) d’Alexandre Grassart, spécialisé dans le l’intestin-sur-puce et l’étude de l’infection de Shigella au niveau de l’intestin, et ainsi
d’envisager une nouvelle demande de mobilité interne pour rejoindre cette équipe début 2023. Les compétences transdisciplinaires
requises pour cette nouvelle affectation ont été une réelle motivation pour moi. J’ai ainsi acquis de nouvelles compétences techniques (microfabrication, microfluidique, culture de cellules
souches et organoïdes) par le bais de différentes formations.
Elise Delannoy (Post-doctorante de formation ingénieur) et Alexandre Grassart ont développé une puce poumon « maison », créée à partir de techniques d’impression 3D et j’ai ainsi
poursuivi la mise au point du modèle poumon-sur-puce sur ces nouvelles puces. Le modèle a été amélioré avec
l’ajout de macrophages du coté alvéolaire et des essais d’infections avec Mycobacterium tuberculosis réalisés avec la collaboration de Yoel Dagan (doctorant), de façon à valider et valoriser le modèle qui pourra, je l’espère, présenter un intérêt pour plusieurs axes de recherche du CIIL… avant de me lancer dans de nouvelles « aventures » scientifiques et nouveaux défis techniques visant la compréhension de la propagation cellulaire de l’infection intestinale par Shigella!… 

 

 

Modèle d'alvéole pulmonaire-sur-puce,

Modèle d'alvéole pulmonaire-sur-puce, avec co-culture de macrophages humains (M-AoC), reconstituant la barrière alvéolaire, développé dans l’équipe MoHMI.*(i) Vue du dispositif en PDMS fabriqué en interne (canal supérieur en bleu et canal inférieur en rouge). (ii) Coupe transversale verticale schématique du modèle M-AoC. (iii) Projections d'images en immunofluorescence d’une M-AoC infectée par /Mycobacterium tuberculosis.

 

François PIERRE Ingénieur de Recheche l'Université de Lille

C’est lors de ma recherche de stage de Master 2 que j’ai eu l’opportunité de rejoindre Lille et d’intégrer le laboratoire Interactions cellulaires et moléculaires des bactéries pathogènes avec l’hôte, dirigé à l’époque par le Pr Michel Simonet. J’ai ensuite obtenu un contrat doctoral me permettant de réaliser ma thèse sous la direction du Dr. Florent Sebbane, au sein de la même équipe
devenue entre-temps le laboratoire PYP.
Durant mon stage puis ma thèse, soutenue en 2012, j’ai étudié le rôle de deux inhibiteurs de lysozyme, Ivy et MliC, dans la virulence de Yersinia pestis. J’ai également travaillé sur l’identification de
petits ARN régulateurs chez cette bactérie.
Après ma thèse, animé par une volonté de découvrir le monde – en particulier l’Afrique – j’ai consacré trois années à rechercher des financements pour un post-doctorat ou un poste dans un pays
africain. J’ai eu des contacts en Afrique du Sud, au Gabon, en République démocratique du Congo et à Madagascar. Afin d’élargir mes connaissances en microbiologie au-delà de Y. pestis, j’ai suivi un DU de microbiologie médicale à l’Université Paris-Diderot (Paris 7). Finalement, n’ayant pas pu concrétiser un projet africain, j’ai accepté en 2016 la proposition de Florent Sebbane de rejoindre
le laboratoire en tant qu’Ingénieur de Recherche.
Mon projet principal était d’étudier les mécanismes mis en place par Y. pestis pour résister au complément sérique. J’ai notamment mis en évidence un mécanisme impliquant le gène ypo0337, qui code la sous-unité B d’une toxine AB5 subtilase-like (particularité notable : Y. pestis ne produit pas la sous-unité active A). Ces travaux ont abouti a une publication en 2025 dans le journal Emerging Microbes & infections, que j’ai signé en premier auteur.
Grâce à cette expertise, j’accompagne aujourd’hui les étudiants travaillant sur les parties de projet qui mettent en évidence le mécanisme de résistance au complément sérique.
Le laboratoire se structure autour de deux axes : « entomologie » et « bactériologie », visant à comprendre les mécanismes de transmission et de développement de la peste, j’appartiens à la composante bactériologie. Enfin, je suis également le « super-Mario » du laboratoire, en charge du bon fonctionnement du parc d’équipements scientifiques.

 

Chez Yersinia pestis, ypo0337 code une lectine associée à la membrane externe qui recrute le facteur H, le C4BP et l’hémopexine, conférant ainsi une résistance au système du complément sérique en inhibant la formation du complexe d’attaque membranaire (MAC) impliquant les molécules C3b, C5 et C6.