ECOPHIP concentre ses activités de recherche sur les protozoaires parasitaires intestinaux Blastocystis et Cryptosporidium, qui représentent actuellement des problèmes socio-économiques et de santé publique majeurs. Les deux parasites sont responsables d'infections gastro-intestinales qui, dans le cas de Cryptosporidium, peuvent être graves voire mortelles chez les enfants et les patients immunodéprimés. Cependant, ces parasites sont encore mal étudiés et généralement négligés par les autorités sanitaires, alors que peu ou pas de traitement est efficace contre ces parasites. Par ailleurs, ces deux parasites, présentant une grande diversité génétique et pouvant coloniser de nombreux hôtes, représentent également des modèles pertinents pour enquêter sur une question biologique majeure dans le domaine de «l'écologie de la santé»: quelle est la nature de la diversité génétique de ces derniers parasites et son impact sur la circulation et la pathogénicité de différentes espèces et génotypes? Les travaux actuels et futurs d'ECOPHIP, qui ont la particularité de combiner «études de terrain» et «recherches en laboratoire», visent à clarifier l'épidémiologie moléculaire de ces parasites, leur circulation dans les populations humaines et animales ainsi que dans l'environnement (recherche de facteurs de risque de transmission) et leur physiopathologie tout en identifiant les molécules et les mécanismes impliqués dans la pathogenèse de ces parasites. L'objectif d'ECOPHIP est de fournir des stratégies pour mettre en place des mesures urgentes de prévention et de contrôle afin de réduire significativement l'incidence de ces parasites. ECOPHIP combine l'épidémiologie moléculaire et la phylogénie, la génomique comparative, la transcriptomique et la protéomique, la métagénomique et les approches de biologie cellulaire et moléculaire ainsi que le développement de modèles d'études in vivo, ex vivo et in vitro. ECOPHIP a développé un vaste réseau bien ciblé de collaborations nationales et internationales. Enfin, en raison de sa rare expertise, je n protistologie, ECOPHIP est sollicité pour des collaborations spécifiques, notamment dans le cadre de l'identification moléculaire de protozoaires parasitaires d'intérêt pour la santé humaine et animale ou en tant que coordinateur / partenaire de projets financés dans les domaines de la parasitologie (parasites des poissons) et de la parasitologie environnementale .

 

 

Blastocystis & Microbiote

« Eucaryome » intestinal: le rôle particulier des protozoaires dans le microbiote intestinal

La prise de conscience du rôle du microbiote intestinal dans la biologie et la santé de son hôte s'est accrue ces dernières années. Cependant, la plupart des recherches sur le microbiome se concentre sur les bactéries et, dans l'ensemble, nous savons peu de choses sur le rôle des eucaryotes associés à l'hôte en dehors du domaine de la Parasitologie. Pourtant, les microeucaryotes sont des habitants communs de nos intestins rarement associés à des signes cliniques de maladie. Plus particulièrement, notre équipe a mis en évidence que les protozoaires du genre Blastocystis, dont la pathogénicité est controversée, sont associés à des effets positifs sur la diversité bactérienne intestinale et sur la composition du microbiome intestinal, et seraient donc considérés comme des membres d’un microbiote intestinal sain. L’étude de la diversité et du rôle de ces microeucaryotes intestinaux sur la santé humaine et animale est actuellement soutenue dans l'équipe ECOPHIP par la Région Hauts-de-France (financement projet exploratoire STIMulE 2020) ainsi que par la SATT Nord (programme de co-maturation).
 

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Cryptosporidium et cancer digestif

Cryptosporidium est un parasite apicomplexa intracellulaire considéré comme l'une des principales causes de diarrhées dans le monde. Cependant, malgré la forte exposition de l’homme comme des animaux à ce parasite ubiquitaire., peu d'attention a été accordée à son potentiel tumorigène En effet, notre équipe a découvert que Cryptosporidium parvum (C. parvum) peut induire des adénocarcinomes gastro-intestinaux et biliaires invasifs dans un modèle de souris SCID (severe combined immunodeficiency) dès 20 jours post-infection (selon la souche de C. parvum administrée). De plus, nous avons également pu montrer le développement de néoplasies intraépithéliales de bas grade dans un modèle intestinal ex vivo infecté par C. parvum. Enfin, des études épidémiologiques récentes ont montré une forte prévalence de l'infection par Cryptosporidium chez les patients atteints d'un cancer gastro-intestinal récemment diagnostiqué et avant tout traitement. L’ensemble de ces arguments expérimentaux et cliniques nous a poussé à concentrer nos recherches sur l'étude de la physiopathologie de Cryptosporidium et l'identification de la signature moléculaire du cancer digestif induit par ce parasite.

Adénocarcinome au niveau de la région iléocaecal induit par Cryptosporidium parvum. A :  Aspect macroscopique de la lésion ; B et C : Aspects microscopiques de la lésion (Hematoxyline & Eosine). D : C. parvum infectant une cellule épithéliale en microscopie électronique. Bar (µm) = A : 1 000 ; B : 400 ; C : 25 ; D : 0,4. D'après Benamrouz et al. 2012.

 

Projets en cours :
* Exploration du rôle de Cryptosporidium dans l’épigénétique du cancer (PARACAN) (Financement : Plan cancer INSERM).
* Étude des voies de signalisation impliquées dans l'induction du cancer par le parasite Cryptosporidium parvum (Financement : Bonus H CHU de Lille).
* Etude de nouveaux inhibiteurs ciblant Cryptosporidium (ApiHDACi): (Financement : Programme inter-équipes CIIL).
* Implication des protozoaires du genre Cryptosporidium dans l'apparition du cancer colorectal chez l'homme (Financement : Groupement des Hôpitaux de l’Institut Catholique de Lille-GHICL).

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Osman M, El Safadi D, Cian A, Benamrouz S, Nourrisson C, Poirier P, Pereira B, Razakandrainibe R, Pinon A, Lambert C, Wawrzyniak I, Dabboussi F, Delbac F, Favennec L, Hamze M, Viscogliosi E, Certad G (2016) Prevalence and risk factors for intestinal protozoan infections with Cryptosporidium, Giardia, Blastocystis and Dientamoeba among schoolchildren in Tripoli, Lebanon. PLoS Negl Trop Dis 10 : e0004643

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Wawrzyniak I, Courtine D, Osman M, Hubans-Pierlot C, Cian A, Nourrisson C, Chabé M, Poirier P, Bart A, Polonais V, Delgado-Viscogliosi P, El Alaoui H, Belkorchia A, Van Gool T, Tan KSW, Ferreira S, Delbac F, Viscogliosi E (2015) Draft genome sequence of the intestinal parasite Blastocystis subtype 4-isolate WR1. Genom Data 4: 22-23

 

COLLABORATIONS

 

Dans le cadre de ses activités de recherche, ECOPHIP a établi un réseau très dense de collaborations au niveau local et régional (plateformes et équipes du CIIL, Hôpital et Université de Lille, PEGASE, BiLille, Genes Diffusion, Genoscreen), national (VetAgro Sup, ANSES, IFREMER, CEA, Hôpitaux, MNHN Paris, CNRS et Inserm) et international en Europe (Belgique, Pays-Bas, Italie), en Afrique (Tunisie, Egypte, Sénégal, Guinée), en Amérique du Sud (Guyane française), aux Caraïbes (Cuba), en Asie (Thaïlande, Vietnam, Japon, Inde), au Moyen-Orient (Liban) et en Australie (Université de Murdoch, Melbourne).

 

FINANCEMENTS

* ANR. ANR ALIA 09 PROTOFOOD (ANR 09 ALIA 009-04) 2010-2013 Partenaire
* ANR. ANR 2010 ALIA FISH PARASITES (ANR 2010 ALIA 004-01) 2010-2013 Coordinateur
* ANSES. ANSES 2011 PNEUMAIR (EST 2011/1/053) 2011-2013 Partenaire
* Région Hauts-de-France - CHU de Lille. CP PSER CHRU – FUNGICOPD (n°11003705) 2011-2014 Coordinateur
* CHU de Lille. MFIP (n°12-11-808) 2012-2013 Coordinateur
* Université de Lille. Programme Orientations Stratégiques BlastoGeDiPath 2012-2015 Coordinateur
* Pfizer. ATCF Azole Therapy in Cystic Fibrosis EudraCT 2011-005799-41 2012-2015 Partenaire
* Genoscreen Lille. Contrat de collaboration 2013-2014 Coordinateur
* Région Hauts-de-France - FRB. DEMO 2013-2015 Partenaire
* Association Vaincre la Mucoviscidose. MUCO-BAC-MYCO (C-20120-600697) 2013-2015 Coordinateur
* ANR. ANR BLANC ROME 2012 (ANR-12-BSV7-0019-02) 2013-2016 Partenaire
* Région Hauts-de-France. Action de Recherche Concerté d’Initiative Régionale (ARCIR) ABC FISH (n°13003283) 2013-2016 Coordinateur
* PEGASE Lille. Contrat de collaboration 2014 Coordinateur
* CHU de Lille. Fonds Hospitalier d’Aide à l’Emergence 2014-2015 Coordinateur
* MAE et MESR. Partenariats Hubert Curien (PHC) Programme CEDRE France - Liban 2015-2016 Coordinateur
* Universite de Lille. Equipement scientifique innovant 2015-2017 Partenaire
* Inserm. Plan Cancer 2014-2019 ITMO Cancer Inserm (n°EPIG201510 ) AAP Epigénétique et Cancer PARA-CAN 2016-2019 Partenaire
* SF3i Lille. Projet collaboratif CIIL et LIRIC (UMR995) 2016-2017 Coordinateur
* Plate-forme BiLille. Missions Ingénieurs 2018-2019 Coordinateur
* CHU de Lille. Bonus H 2019-2020 Coordinateur
* Université Catholique de Lille. GHICL Crypto-K 2019-2021 Coordinateur
* Ambassade de France au Vietnam. Coopération scientifique 2020-2021 Coordinateur
* CIIL. Projets collaboratifs intra-CIIL 2020 Coordinateur
* Région Hauts-de-France. Programme STIMulE - Volet "Recherche Exploratoire" AGRIMARK 2020-2022 Coordinateur
* Société d’Accélération de Transfert Technologique (SATT) Nord 2020-2022 Coordinateur